Asal-usul aliran Khufiyyah ini boleh dikesan dari kelompok Naqshabandi di Asia Tengah. Ia adalah tarekat rohaniah berpandangan Sunnah (Sunni) yang terbit dari Syria.
Mubaligh-mubaligh dan kegiatan dakwah mereka ini menyebabkan tarekat ini berkembang di sekitar Bukhara dan Samarkand. Makhdum-e-Azam iaitu salah seorang pendakwah dari aliran Naqshabandi pada abad ke-17 M telah berpindah ke Kashgar. Di situ, anak cucu beliau kemudian mengembangkan serta memperkukuh ajaran-ajaran yang dibawa bersama dengan orang tua-tua mereka. Anak cucu Makhdum-e-Azam kemudian digelar sebagai kelompok Miskiyah dan kelompok Ishaqi.
Aliran Naqshabandi Khufiyyah di China dirintis oleh 馬守貞 Mǎ Shǒuzhēn yang dilahirkan di Lintao, Gansu. Beliau adalah seorang mufti dari dinasti Ming. Beliau dilahirkan pada tahun 1633 semasa pemerintahan Maharaja Chongzhen, pemerintah dinasti Ming.
Mufti Ma belajar ajaran Islam melalui mubaligh Miskiya iaitu Afaq Khoja yang melawat Hezhou pada tahun 1672. Beliau kemudian memperkembang ajaran Islam melalui tarekat beliau dan melalui ceramah-ceramah agama. Ketika itu usia beliau sudah 40 tahun. Selepas tempoh 50 tahun, tarekat ini menyaksikan pertambahan ahli yang agak besar juga di seluruh China.
Seorang lagi ahli tarekat ini bernama 馬來遲 Mǎ Láichí atau Abul Futuh boleh juga dianggap sebagai seorang lagi pengasas pergerakan ini di China. Beliau diperkenalkan kepada ajaran tasawuf oleh 馬太爸爸 Mǎ Tài Bàbà yang hidup sezaman dengan Mufti Mǎ Shǒuzhēn. Selepas menunaikan ibadah haji di Mekah, beliau kembali ke China dan menyebarkan ajaran Islam selama 32 tahun di wilayah Qinghai dan wilayah Gansu dalam kalangan etnik Hui dan etnik Turki Salar. Seterusnya, beliau mengasaskan 華寺門宦 Huásì Ménhuàn yang menjadi aliran tasawuf tempatan di sana. Mǎ Láichí kadang-kala berdebat dengan para Tulku Tibet dari aliran Buddha Vajrayana.
Pada awal abad ke-18 M, seorang lagi murid Afaq Khoja bernama 鮮美珍 Xian Meizhen menyebarkan ajaran Islam di rantau hulu China. Beliau mengasaskan 鮮門門宦 Xiānmén Ménhuàn. Selepas lama tempoh penyebaran ajaran Islam dan pengajaran mengenai amalan-amalan Islam, aliran-aliran ranting dari Naqshabandi Khufiyyah ini mula membentuk 教坊 Jiàofāng atau Qariah. Qariah ini dipimpin oleh seorang 阿訇 Āhōng atau Akhoond yang bermaksud Imam.
Sepanjang pemerintah Maharaja Qianlong dari dinasti Qing, aliran lama Islam yang diwakili oleh tarekat Naqshabandi Khufiyyah ini dicabar oleh seorang pembaharu bernama 馬明心 Mǎ Míngxīn, pengasas aliran Naqshabandi Jahriyyah. Aliran Naqshabandi Jahriyyah ini digelar sebagai aliran baru. Mǎ Míngxīn dikritik dan ditentang oleh keturunan-keturunan ahli aliran Naqshabandi Khufiyyah. Walau bagaimanapun, beliau turut menerima keahlian dari wilayah-wilayah Gansu, Ningxia dan Qinghai. Dalam pergelutan antara kedua-dua aliran baru dan aliran lama ini berkenaan hal-ehwal keagamaan dan politik, istana dinasti Qing melihat bahawa aliran baru ini sebagai ancaman kepada pemerintahannya dan memberikan sokongan kepada aliran lama.
Semasa Revolusi Kebudayaan pada 1966 di China, ahli-ahli aliran Naqshabandi Khufiyyah termasuk dalam kelompok ahli kumpulan keagamaan yang menderita tekanan dan seksaan dari Parti Komunis China. Masjid-masjid dimusnahkan ketika itu dan amalan keagamaan dilarang sama sekali. Larangan terhadap agama ini diangkat kembali selepas Sesi Plenari ke-3 Jawatankuasa Pertengahan Parti Komunis China yang ke-11. Kini, ahli-ahli aliran Naqshabandi Khufiyyah hidup utamanya di Linxia, Tianshui dan Lanzhou di wilayah Gansu.
