Pertelingkahan yang semakin panas antara pengikut kedua-dua gerakan ranting tarekat ini menimbulkan kebimbangan dinasti Qing pada 1781. Pusat pertelingkahan ini berada di mukim Xunhua, wilayah Qinghai yang kini berada di barat daerah Linxia.
Kelompok Jahriyya ini dianggap oleh dinasti Qing sebagai kumpulan subversif. Mǎ Míngxīn lalu ditahan oleh pihak berkuasa walaupun beliau sebenarnya tidak pernah meninggalkan Xunhua pada ketika itu. Sementara Mǎ Míngxīn ditahan di Lanzhou semasa pemberontakan Jahriyyah, penduduk dari etnik Salar Muslim lalu mengamuk dan menyerang tembok kota Lanzhou. Pegawai-pegawai dinasti Qing lalu membawa Mǎ Míngxīn yang dipasung dan dirantai ke tembok kota menyebabkan etnik Salar yang menyerang itu memberikan hormat kepada guru mereka. Selepas itu, pegawai-pegawai dinasti Qing membawa Mǎ Míngxīn turun lalu memancung beliau dalam kota. Balu Mǎ Míngxīn iaitu Puan Zhang yang berasal dari mukim Tongwei di Gansu serta anak-anak perempuan mereka dihalau ke wilayah Xinjiang oleh dinasti Qing.
Kematian Mǎ Míngxīn sebaliknya tidak menghentikan pertelingkahan antara komuniti Muslim di Gansu dan wilayah sekitarnya. Pertelingkahan komuniti Muslim dengan dinasti Qing pun tidak terhenti begitu sahaja. Tiga tahun selepas kematian Mǎ Míngxīn, pengikut beliau bernama Tian Wu memulakan pemberontakan besar menentang dinasti Qing. Walau bagaimanapun, pemberontakan ini berjaya dipadamkan oleh dinasti Qing. Pihak berkuasa dinasti Qing seterusnya memerhatikan dengan ketat penyebaran aliran 'subversif' Jahriyyah ini di seluruh China.
Generasi kelima dari keturunan Mǎ Míngxīn dan pemimpin aliran Jahriyyah iaitu 馬化龍 Mǎ Huàlóng menjadi salah seorang kepala pemberontak dalam Pemberontakan Hui Barat Laut di Ningxia, Shaanxi dan Gansu pada 1860-an.
Sehingga hari ini, tarekat Naqshabandi Jahriyyah masih lagi wujud namun ia sudah tidak jelas kelihatan pada umum. Sebagai ingatan kepada Mǎ Míngxīn yang janggutnya dicukur oleh tentera dinasti Qing sebelum hukuman mati ke atas beliau dijalankan, ramai pengikut aliran Jahriyyah pun turut mencukur bucu-bucu janggut mereka.
Pada tahun 1985, seramai 20,000 orang etnik Hui berkumpul di tapak makam Mǎ Míngxīn yang asal dekat dengan Lanzhou bagi upacara tahlil. Makam yang asal sebenarnya dimusnahkan, namun makan baru dibina di situ sebagai penanda kubur beliau.
Berikut adalah keturunan atau pewaris kepada tokoh Mǎ Míngxīn:
- 马圣鳞 Mǎ Shènglín, generasi kedua
- 馬元章 Mǎ Yuánzhāng, generasi ketiga
- 馬紹武 Mǎ Shàowǔ, generasi keempat
Anak lelaki kepada Mǎ Shàowǔ iaitu Mǎ Choya, tinggal di Urumqi, wilayah Xinjiang di Republik China. Tokoh-tokoh Muslim di atas itu terlibat dalam perkembangan sejarah di dinasti Qing dan Republik China.
