Pemerintah dinasti Yuan (Mongol) di bawah Jabatan Hal-Ehwal Penganut Buddha dan Orang Tibet atau Xuanzheng Yuan, memerintah Tibet menerusi jabatan pentadbiran tinggi. Satu daripada tujuan jabatan ini adalah untuk memilih dpon-chen atau pentadbir terbaik yang selalunya dilantik oleh lama dan disahkan oleh maharaja Yuan di Beijing.
Lama Sakya mengekalkan satu tahap autonomi di Tibet dan bertindak sebagai pihak berkuasa politik di situ manakala dpon-chen pula memegang kuasa pentadbiran dan ketenteraan. Pemerintahan dinasti Yuan di Tibet diasingkan dari wilayah-wilayah utama dalam China. Namun, rantau ini wujud di bawah pentadbiran dinasti Yuan. Jika lama Sakya bertelingkah dengan dpon-chen, maka dpon-chen diberikan kuasa untuk menghantar tentera Cina ke rantau itu.
Tibet mengekalkan kuasa politik hanya pada nama sahaja terhad kepada urusan politik tempatan serta keagamaan. Manakala, pentadbir Mongol menguruskan susunan dan pentadbiran pemerintahan di Tibet dengan sokongan campur tangan tentera yang jarang berlaku. Ia muncul sebagai struktur diarchic di bawah pemerintahan maharaja Yuan, dengan kuasa ditumpukan kepada melindungi etnik Mongol. Putera Khuden dari Mongolia berjaya memegang kuasa sementara di Tibet pada tahun 1240an dengan dana dari Sakya Pandita yang kawasan kediamannya itu menjadi ibu kota Tibet. Drogon Chogyal Phagpa, anak saudara kepada Sakya pandita menjadi Guru Agung kepada Kublai Khan, pengasas dinasti Yuan.
Kekuasaan dinasti Yuan di Tibet berakhir selepas dinasti Ming menggulingkan dinasti Yuan. Selain itu, Tai Situ Changchub Gyaltsen turut memberontak menentang pemerintahan Mongolia di Tibet. Selepas berjaya dalam kebangkitannya, Tai Situ Changchub Gyaltsen mengasaskan dinasti Phadmodrupa dan berusaha mengurangkan pengaruh dinasti Yuan ke atas kebudayaan Tibet serta politiknya.
