Sama seperti kelompok tasawuf lain, tarekat ini dicirikan dengan amalan mengambil berkat dari orang-orang lain atau amalan tawasul melalui orang alim dan pencerahan jiwa melalui amalan zikir makrifat.
Amalan zikir dalam tarekat ini dijalankan oleh ahli-ahlinya secara perlahan-lahan dan berbisik. Boleh jadi juga mereka hanya meratib dalam hati sahaja. Oleh sebab itu, aliran Naqshabandi ini digelar sebagai khufiyyah yang bermaksud senyap dalam bahasa Arab.
Sebagai tambahan, ahli-ahli dari aliran ini mematuhi perintah kerajaan pusat China. Mereka menolak amalan zuhud melampaui batasan dan mereka tidak menolak kehidupan di bandar-bandar. Mereka menekankan keseimbangan rohani dan hal-ehwal duniawi serta amalan-amalan Islam boleh disesuaikan mengikut masa, tempat dan keadaan.
Murid-murid yang mengikut aliran ini diwajibkan khatam al-Quran dan diwajibkan menelaah hadis sehingga tamat. Murid-murid akan digelar sebagai murshid atau orang yang meminta tunjuk ajar.
